Při paradoxní embolii dochází k embolizaci trombu s původem v žilním systému, nejčastěji dolních končetin, do tepen systémového oběhu, nejčastěji mozkové cirkulace. Tato situace může nastat pouze za předpokladu existující komunikace mezi levou a pravou srdeční síní a současně za přítomnosti tlakového gradientu směřujícího z pravé síně do levé, přičemž ale fyziologicky je gradient mezi síněmi právě opačný. K obrácení interatriálního gradientu může dojít při současné plicní embolii, která vede k navýšení tlaku v plicním řečišti, případně u pacientů s preexistující plicní hypertenzí. Klinická manifestace paradoxní embolie může být velice široká od ischemických mozkových iktů, přes akutní koronární syndrom až po akutní viscerální či končetinovou ischemii. Léčba se potom již neliší od standardní léčby systémové embolie a je závislá na tíži embolie a typu postiženého orgánu. Zásadní součástí léčby paradoxní embolie je prevence její recidivy.
